La programmazione regionale della pesca è orientata alla gestione delle risorse ambientali, cercando di bilanciare le esigenze di produttività e modernizzazione del settore pesca con il rispetto dell'ambiente.
Attraverso gli strumenti predisposti dalla programmazione comunitaria, in particolare grazie al FEAMP (Fondo Europeo per gli Affari Marittimi e la Pesca) per il settennio 2014/2020 e al FEAMPA (Fondo Europeo per gli Affari Marittimi, la Pesca e l'Acquacoltura) per il settennio 2021/2027, la Regione è in grado di sostenere in modo concreto gli operatori del settore della pesca e dell'acquacoltura. La Regione inoltre gestisce le concessioni marittime per acquacoltura e ricerca scientifica, è impegnata in progetti di cooperazione territoriale europea relativi ai temi della pesca e dell’acquacoltura e svolge tutte le funzioni previste dalle Leggi Regionali n.11/2004 e n. 33/2019.